​Se cree que los mayas fundaron Lakam Ha durante el período Formativo (2500 a. C. - 300 dC), alrededor del 100 a. C., como una aldea predominantemente agricultora, y favorecida por los numerosos manantiales y corrientes de agua de la región.
La población creció durante el período Clásico Temprano (200-600), hasta ser una ciudad, llegando a ser la capital de la región de B'akaal (hueso), comprendido en la zona de Chiapas y Tabasco, en el período Clásico Tardío (600-900). La más antigua de las estructuras que han sido descubiertas fue construida alrededor del año 600.

B'akaal fue un centro importante de la civilización maya entre los siglos V y IX, durante los cuales alternó épocas de gloria y de catástrofe, de alianzas y guerras. En más de una ocasión hizo alianzas con Tikal, la otra gran ciudad maya de la época; en especial para contener la expansión del belicoso Calakmul, también llamado "Reino de la Serpiente". Calakmul resultó victorioso en dos ocasiones, en 599 y 611.

Los gobernantes de B'akaal proclamaban que el origen de su linaje venía del pasado remoto, algunos inclusive jactándose de provenir de tiempos prehistóricos, llegando a la creación del mundo actual, que, en la mitología maya, fue en el año 3114 a. C. Las teorías arqueológicas modernas especulan que la primera dinastía de sus regidores fue probablemente olmeca.